Если аккум будет при этом отключаться от бортсети, то сбросятся настройки магнитолы и единицы измерения расхода на км/л (на дорестайле точно). И, типа, настройки блока управления двигателем, которые восстановятся через некоторое время во время движения.
Я заряжаю без отключения от бортсети. Главное, чтобы напруга внешнего источника была не выше 14,5-14,7В