Вы видимо просто не вдавались в смысл системы EGR. Она ставится не для прожигания повторно выхлопных газов, а для уменьшения температуры сгорания смеси и соответственно снижения токсичности выхлопа. Экология блин. Вы не задумывались, почему конкретно на Вашем автомобиле выхлопные газы подаются в впускной коллектор только с правой головы, а левая прекрасно обходится без повторного прожига? Именно потому, что смысл EGR не прожигать выхлопные газы, а подавать их на впуск, подмешивая к топливо-воздушной смеси.
Не думаю, что забитая система EGR повлечет за собой заметное повышение расхода топлива, хотя сам не пробовал, а алгоритм работы ЭБУ при действующей ошибке по EGR мне неизвестен.
Промывать в принципе можно чем хотите и как хотите, главное не нанести механических повреждений(абразивы, кислоты и т.п.) - клапан всё таки. Что бы не повредить привод клапана при промывке его лучше снять сразу. Вместе с клапаном не лишним будет промыть и трубку от выпускного коллектора к впускному.