Хруст при переключении, это не работающие как надо синхронизаторы. При холодном (вязкость высокая) масле эфект хруста меньше, прогрел (вязкость ниже) пошел хруст. Просто более вязкое масло работает как прокладка между синхронизатором и шестерней.
Еще тут же и повышенный шум коробки. Можно предположить повышенный износ подшипников валов. Поскольку подшипники обеспечивают соосность, то при их износе возможен небольшой перекос - там много не надо
и синхронизатор работает хуже.
У самого появилась такая фишка: при холостом ходе звук мотора как дизель (немного) выжм сцепления - тишина, не выжимая, просто ручку переключения тяну на 3 или 4 передачу (начало работы синхронизатора) - тишина. (слышно только при открытой двери, в салоне не заметно почти)
Вывод: гуляет первичный вал КПП на подшипниках (хорошо не шумит пока коробка) оттуда и подбрякивание поожее на звук дизеля
просто передающееся на двигатель. (хотя наша 5 ступка с прямой 5той это не "классика" 4 ступени, но думаю по конструкции не сильно разниться, можо предположить, что, при описаном основные проблемы вызывают 4 и 5 ступени)
В вашем случае можно просто порекомендовать "двойной" выжим (передача включена, выжим, сняли на нетраль, отпустили сцепление, выжим, включили следующую - должно помочь 100% , но светофорные старты не проканают
хотя при определенном навыке и это можно
Раньше все машины бегали с таким переключением (ну совсем давно, когда синхр. не было как детали)