Никакой разницы, разница в носителях информации, с которых считывается музыка - флешка или диск.
И на флешку, и на диск можно записывать одни и те же файлы (с оговоркой). Но запись на флешку гораздо проще: вставил ее в компьютер, она определилась как отдельный диск, и на этом диске можно сохранять (или копировать и переносить на него) файлы из любого места. Легко и просто. Так же легко можно и удалить файл с флешки. Вытащил флешку из компа, вставил в любое другое устройство и можно пользоваться содержимым. Для записи же файлов на диск нужно иметь пишущий CD(или DVD)-ROM и использовать специальную программу записи. Если диск ("болванка", т.е чистый диск) не многоразовая, то удалить с него файлы не получится. Вернее, так: операция удаления имеется, но сам файл она не удаляет, а стирает только информацию о нем, так что место на диске не освобождается.
Теперь об оговорке. Существуют аудиодиски. Это не просто диски со звуковыми (аудио-) файлами, а со звуковыми файлами в неком своем формате. Это тоже цифровой формат, но он не совместим с нашими компьютерами, т.е. просто скопировать такой файл с аудиодиска на компьютер не получится. Мы можем слушать их на компах только благодаря тому, что CD(или DVD)-ROM умеет их читать.
Резюме: если у вас уже есть аудиодиски или диски с другими, совместимыми с вашей магнитолой, аудиофайлами, содержимое которых вас устраивает и вы не собираетесь его (содержимое) редактировать, то вполне можете пользоваться ими.